【スパコン】理研、創薬専用スパコン開発　「RISC-V」アーキテクチャ採用、10万原子の挙動再現[11/19] ->画像>4枚

2019年11月19日 19時32分
https://www.itmedia.co.jp/news/articles/1911/19/news135.html

理化学研究所は11月18日、水やタンパク質など分子の動きのシミュレーションに特化した専用計算機「MDGRAPE-4A」を開発したと発表した。1秒間に約1300兆回（1.3ペタフロップス）の計算が可能で、タンパク質と薬剤、水分子などを合わせた計10万個の原子の動きを、現実的な時間で解析できる。「創薬の可能性を広げるもの」と理研は期待を掛ける。


理研の研究チームは、原子間に働く力の計算に特化したアルゴリズムと専用ハードウェアを開発。専用計算のプロセッサには、オープンソースのアーキテクチャ「RISC-V」を採用した。「RISC-Vをベースとする実用大規模システムとしては世界初」（理研）という。

分子動力学による高精度シミュレーションの例。リボン状の物体がタンパク質で、球が連なる物体が薬の分子


　これにより、汎用のスパコンではこれまで計算に1年3カ月掛かっていた10万個の原子の100マイクロ秒間のシミュレーションを、3カ月に短縮できるとしている。

創薬探索をスパコンで計算するメリットの一つは、新薬の候補となる分子を実際に合成しなくても、構造式だけでその標的となるタンパク質との相互作用や構造変化を調べられること。

　しかし、タンパク質を構成する原子の数や、タンパク質に作用する新薬の分子、水分子の数は膨大で、それらのシミュレーションには膨大な計算が必要となる。

　理研は、「既存の手法では、スパコン（専用計算機）の性能が上がっても、残りの計算を汎用コンピュータで行う関係で、計算速度が頭打ちになっていた」と、これまでの計算方式の問題点を解説。

　「MDGRAPE-4Aでは、専用計算回路と汎用計算部分など計算の全てをSoCにまとめ、ボトルネック解消を図った」（同）という。

　理研は、「分子動力学（原子の動きのシミュレーション）の計算でハードウェアとソフトウェアの両面を統合して開発を進めているのは米D.E.Shaw研究所と本研究チームのみ」と自負。「今後も人工知能への応用や、専用回路と汎用回路の結合による大規模システムの開発を進めていく」としている。

>>1
Grape系は日本的なコンピュータで単一目的に特化した計算デバイス。

だからtop500にはランギンクしない。
でも、今汎用性を放棄した計算機を作成することのメリットはよくわからなんな。

製薬なら、メガファーマーは多数のスパコン用意してやってる。

ランギンク

３ヶ月かぁ・・
夜仕掛けて朝回収できるくらいにならないかなぁ・・

ジャップはわかめスープ会社頼りかw

あれ、arm使ってる奴はどこに

化学反応をシミュレーションだけで再現とか無理じゃね？
シュレーディンガー方程式は水素原子以外解けないんだし

スパコンはＡＲＭだし、今度はＲＩＳＣ−Ｖかよ
ちゃんと統一しろよ。
つーか、自分達でアーキテクチャぐらい作れよ。
研究の根幹になる事だぞ。

もっとシステムの規模を大きくしたときに性能がスケールするんだろうか？

製薬会社以外に買うとこあるん？

ハゲ完全に嵌め込まれたな＾＾；
山ほどプロセッサを使うスパコンにライセンス料を取るARMなんか使えない

ああコレってグレープの子孫にあたるコンピュータなのか＾＾；
昔、「手作りスーパーコンピュータへの挑戦」っていう本で読んだことがあるわ

アキバで買って来た部品を使って２０万円だかで
天文シミュレーション用のスパコン（グレープ初号機）を作ったという内容だった

某EDAベンダーのセミナーで聞いたことがあるが、マニアックな専用命令が必要になり、
RISC-Vをベースに命令追加やパイプライン最適化等の拡張したとか。
まともにHDLで設計したら大変なんだけど、そのEDAベンダーのツールを使うことで効率よく開発できた、って話だった。

国際金融資本はrisc-vへの移行を決定していた
armはロスチャイルド系企業
将来性が無いお荷物企業armを高値でハゲに買わせたゴールドマンサックスもロスチャイルド企業
ハゲはまんまと嵌められたんだよ

逮捕されてたやつの後継か

RISC-Vって流行ってるね。

おれもCPU作ってみたい

詐欺集団ｗ

エクサクラスの計算機も、もうすぐだな

アーキテクチャーの種類は技術系にとってはどうでもよくて、
ライセンス料とかの影響が大きいからな。
今後普通にRISC-Vになるんじゃなかろうか？

オプソのCPUって使い物になるのこれくらいしかないもんな

MIPSもPowerPCもオープン化したじゃん

富士通がAI半導体投入、計算性能10倍　19年度中にも
https://www.nikkei.com/article/DGXMZO52298580Y9A111C1TJ1000/

>>20
RISC-Vは使い物になるか確かめてる段階だろ

3ヶ月もかかるなら実験したほうが安くて早くて正確。原理を調べるためというならまだわかる。

クスリのRISC

>>24
どんな反応が生じるか分からない物質を何万通りも調べるのに3か月で出来るの？

>>24
どっかの異次元ラボにでも勤務してんの？
何万通りも試料用意して実験できる資金と人材あるのか、凄いなー（棒

わかめスープ以外にもいろんなことやってるんだな

理研の利権

ノンオイルドレッシングは好きになれない

>>2
目の前の問題に必要だから作ったんだよ。
作ったら他にないから高めてる。
スパコンは専用計算機より高い。同じ計算量としてはね。

量子コンピュータについて語れ。
http://2chb.net/r/future/1521768512/

理研ビタミン株式会社略して理研

ＲＩＳＣ−Ｖはオープンソースだから、そのスパコンで計算実績上げて
信頼性やら性能やらが実証されたら、ＣＰＵの設計情報をタダで開示
してくれるんですかね？　どうなんですか？　気になりますね。

GPLじゃないんだからそんな義務ないぞ

>>34
>ＣＰＵの設計情報をタダで開示
しているのが RISC-Vじゃないの？

これで不老不死薬が実現するね

>>36
HDLの様な実装出来るレベルの具体的なものはまた別だぞ。
まぁ、大学などで作って公開してそうだけど。

>>36
RISC-VはISAっていうCPUのインターフェース部分だけ

>>26-27
これ、1つの実験にかかる時間なんだぜ。

ふーん

後１００倍速くなれば一日でできるだろ

>>10
共同開発したD.E.Shawはスパコンを自作する投資顧問会社で有名。
アマゾンのジェフベロスが新卒で入った会社でもある。
本業は金融

みんなのパソコンがARMとかRISC-Vになったら、インテルは無くなるのかな？

そしたらインテルもARMとかRISC-V作るだけだろ

ヘネパタ本で勉強した学生が大量に排出されるのがRISC-Vの強み

OpenPiton: An Open Source Hardware Platform For Your Research
https://cacm.acm.org/magazines/2019/12/241058-openpiton/abstract

>>8
おまえ・・・
なんかいいこと言ってるな

机の上にのるPFLOPSクラスのマシン、消費電力1KW以下は実現するだろうか？

>>50
トロンのマイクロスクリプトが教育に向いているのに

若手研究者に年700万円支援　政府、最長10年継続

　政府は若手研究者を長期的に支援するため、約500億円の基金を新設する。
研究開発費や海外渡航費などを念頭に最長10年間にわたって平均で年700万円を支援し、最大1000万円程度まで追加で助成する。
原則40歳までの研究者が対象だ。不安定な有期雇用が多い若手研究者が新しい分野に挑戦できる環境を整えるとともに、米国や中国に引けを取らない技術立国を目指す。

　政府が検討中の経済対策の一部となる。科学技術分野を中心に700人程度を3年間で集中的に選抜する。
出産・育児などで研究に空白期間がある女性らには対象年齢の例外を検討する。特定の大学や研究機関への偏りをなくすため、1つの組織で割り当てる枠に上限を設ける。
人選は国立研究開発法人の科学技術振興機構（JST）が審査する計画だ。

　金額は1人当たり平均で年600万〜800万円を想定する。
これとは別に大学が研究施設の整備や管理などに使う費用として30%程度を上乗せする。支援を受けられる期間は原則7年間で、最長で10年間までとする。

　若手研究者の間では博士号を得ても安定した職を得られない「ポストドクター（ポスドク）」問題が深刻になっている。
ポスドクの平均年齢は2009年度の33.8歳から15年度には36.3歳に上昇した。35歳以上の割合は32.7%から46.9%まで高まった。
腰を据えて研究に取り組める環境整備が急務となっている。

　現在、大学や研究機関への国の支援は、研究テーマ・事業への支援が中心となっている。
若手研究者が研究資金を得る代表的な手段は、科学研究費助成事業（科研費）の公募だ。博士号取得後8年未満の若手を対象とする枠では、2〜4年間に計500万円以下が支給される。
19年度の公募には2万人弱が応募し、約7800人が採択となった。採択率が40%と他の公募枠より高い半面、金額は少ない。
https://www.nikkei.com/article/DGXMZO52895540T01C19A2MM8000/

国の予算は単年度会計だから、途中で掌を返される可能性は常にあるな。

スーパーコンピュータについて語れ
http://2chb.net/r/future/1575387045/

こういうのでいいんだよ。
ベンチ世界一じゃなくて、専用計算に特化したスパコンを色々作ったほうがいい。

戦艦大和は当時としてはハードのスペックは優れていたかもしれないが、
それの兵器の適切な運用技術としての思想は、日露海戦のままだったのか、
燃料が無かったとかいうことだが、ここぞという肝心なところで運用を
躊躇っているなど、不思議なところがあった。船があるから役職ポストが
あるとすれば、沈没や轟沈したら、仕事が無くなって職が減るからあえて
温存したみたいな感じがするが、うがった見方だろうか？

>>56
虎の子の超兵器だったからだと思います

age

>>9
アルゴリズムと用途による。
並列計算できない計算で並列計算で性能アップできると言い切るやつがいるけど
日本語が通じていない。

＞虎の子の超兵器だったから

張り子の　という形容詞がつく気がしないですか？
まるでにらみを利かせるための守り神か、
神棚にでも飾っておくような一種の象徴的な
信仰の対象、心のよりどころ、精神安定剤、になっていたんかな？

大和がある限り日本海軍は不滅だ−＞大和を沈めてはならん、戦いに出して大和が
沈んだら日本海軍は破滅だ−＞なるべく温存しよう−＞年数が経つにつれて相対的
に兵器として価値が低下−＞無駄に金をかけただけに終わる。

100の兵力の船を1つ作るよりも、10の兵力の船を10隻作って10倍の数の
弾幕を張った方が有効だったのじゃないのだろうか？

一対一の対決であれば、装甲が厚いと敵の弾をはじけて、
口径が大きければ遠方からでも（弾が相手に当たれば）
敵の装甲をぶち抜いて轟沈できる。
　そういう都合の良い戦闘状況だけを考えてたんだろうけれども。

>>60
航空機が脇役の時代だったら正しかったんよ
現代の人はミサイルのイメージしかないからわからんかもしれんが
砲戦というのは、10の力の船の砲が100の船に何発当たったところで戦車にピストルを撃つようなもの
10の船が10隻あっても無駄だった　だからでかい砲で攻撃するしかなかった
ところが航空機で魚雷や爆弾を落とす時代になってしまった、しかもその時代にしたのは自分達
その時点で戦艦の巨砲で敵戦艦を倒す意味がなくなった
大和はそういう過渡期の産物

大和が就役したのが1941年12月、アイオワが就役したのが1943年2月
アイオワ級5番艦のイリノイが起工されたのが1942年12月で中止が1945年8月
大和が馬鹿計画ならアメリカは大馬鹿だな

>>61
同意

専用計算機なんて、それ専用の分野があるならやればいいと思う。
グレープとか安く作れるんだろ？台湾とも組むし。

実際に宇宙論とか地球温暖化や核理論まで、
専用計算機で済む作業はありそうだし。
顔認証とかも。
安く済ませられる部分は安く。
スパコンとの連携が必要じゃ？

横一列に並んだ100隻の魚雷艇から魚雷を撃てば、大和であっても
沢山命中して結局は沈没しそうだが。

2019/08/25
【Ai】富士通、AIで「信用スコア」　金融機関向け　成果報酬型で利用促す
http://2chb.net/r/bizplus/1566729169/20-24,26-33,37
11/1
【製薬】大日本住友、AIで創薬を効率化　欧社に3200億円投資
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粉末状のセラミックスという物質を２つの異なる有機物に加えてこれらを擂り潰す事で別の有機物を作り出すことに成功　画期的だ、と外人
https:
//2chb.net/r/newsplus/1577402332/

1/6
【テクノロジー】圧電材料使い有機合成[01/02]
http://2chb.net/r/scienceplus/1578281693/

高効率のカスタムCPUを作るんでなければ今のところ
RISC-Vを採用するメリットってないよな？

てか、CPU単体のコストに占めるライセンス費ってそんなに
大きいんだろうか？

今回のケースも、開発費を考えたら、どんどん進化する汎用GPUを
活用した方が安くて高性能になってた気がしないでもない。
てか、補助金を貰うことを目的とした公共事業の為の仕事だったりしてｗ

>>69
>>13

>>69
スパコンの建造能力をなくしたら日本は滅ぶぞ

1/30
【人物】日本スパコンの父が作り上げた傑作スパコン「NWT」[01/24]
http://2chb.net/r/scienceplus/1580311705/

2/3
【スパコン】名古屋大学、“富岳型”スパコン「不老」を導入 〜国内初の光学ディスクストレージを搭載
http://2chb.net/r/bizplus/1580706157/